Estudo da ancestralidade materna da população do Rio de Janeiro: análise do DNA mitocondrial

As porções uniparentais do genoma humano, representadas pelo cromossomo Y e pelo DNA mitocondrial (DNAmt), contêm informação genética relacionada às heranças patrilinear e matrilinear, respectivamente. Além da aplicabilidade em genética médica e forense, o DNAmt tem sido utilizado como um importante marcador molecular em estudos sobre evolução para traçar inferências filogenéticas e filogeográficas sobre as populações humanas. A análise de linhagens de DNAmt presentes em diferentes populações mundiais levou à identificação de haplogrupos reunindo diversos haplótipos específicos dos grandes grupos étnicos: africanos, europeus, asiáticos e nativos americanos. A população brasileira é conhecida como uma das mais heterogêneas do mundo, resultado do processo de colonização do país, abrangendo mais de cinco séculos de miscigenação entre povos de diferentes continentes. Este trabalho teve como objetivo estimar a partir da análise do DNA mitocondrial as proporções ancestrais africanas, européias e ameríndias na população do Rio de Janeiro. Para isso foram sequencidas as regiões hipervariáveis HVI e HVII do DNAmt de 109 indivíduos não relacionados geneticamente residentes no Rio de Janeiro. Os haplogrupos foram classificados de acordo com o conjunto de polimorfismos dos haplótipos individuais. Programas estatísticas foram utilizados para a determinação de parâmetros de diversidade genética e comparações populacionais. A diversidade haplotípica foi estimada em 0,9988. Nossos resultados demonstraram na população do Rio de Janeiro percentuais de cerca de 60%, 25% e 15% de ancestralidades maternas africana, ameríndia e européia, respectivamente. Através da análise de distâncias genéticas, evidenciou-se que a população do Rio de Janeiro está mais próxima das populações brasilerias dos estados de São Paulo e Alagoas. Como descrito nos registros históricos, algumas regiões do país tiveram processos de colonização muito específicos que se refletem nas proporções ancestrais maternas e paternas observadas. Em relação ao DNAmt, não se verificou diferença genética significativa entre as populações do Rio de Janeiro e a de Angola, uma população africana. Os resultados obtidos estão em estreita concordância com os registros históricos e outros estudos genéticos acerca da formação da população brasileira

Determinação precoce do sexo fetal pela análise do DNA no plasma materno

Purpose: to verify the viability of early diagnosis of fetal gender in maternal plasma by the real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) starting at the 5th week of pregnancy. Methods: peripheral blood was collected from pregnant women with single fetus starting at the 5th week of gestation. After centrifugation, 0.4 mL plasma was separated for fetal DNA extraction. The DNA was analyzed in duplicate by real-time PCR for two genomic regions, one of the Y chromosome and the other common to both sexes, through the TaqMan® method, which uses a pair of primers and a fluorescent probe. Patients who aborted were excluded. Results: a total of 79 determinations of fetal DNA in maternal plasma were performed in 52 pregnant women. The results of the determinations were compared to fetal gender after delivery. Accuracy according to gestational age was 92.6% (25 of 27 cases) at 5 weeks with 87% sensitivity, and 95.6% (22 of 23 cases) at 6 weeks with 92% sensitivity. Starting at the 7th week of pregnancy, accuracy was 100% (29 of 29 cases). Specificity was 100% regardless of gestational age. Conclusion: real-time PCR for the detection of fetal gender in maternal plasma starting at the 5th week of gestation has good sensitivity and excellent specificity. There was agreement of the results in 100% of the cases in which male gender was diagnosed, regardless of gestational age, and from the 7th week of gestation for female gender diagnosis.

Análise de polimorfismos da região controle do dna mitocondrial em indivíduos nascidos e residentes no estado do espírito santo para utilização na identificação humana

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise de polimorfismos do DNA mitocondrial em indivíduos residentes na grande São Paulo para aplicação na identificação humana

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise de polimorfismos da região controle do DNA mitocondrial em indivíduos residentes na região da grande São Paulo para utilização na identificação humana

A identificação humana através da análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado na combinação de diversos marcadores que são herdados de seus progenitores. Esses marcadores são geralmente diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, entretanto, a análise do DNA nuclear não pode ser aplicada, isso ocorre quando o DNA da amostra apresenta-se degradado ou em casos onde o material biológico não apresenta o DNA nuclear. Nestes casos, a análise do DNA mitocondrial (DNA mt) é o método de escolha (PANETO, 2010). O objetivo deste trabalho foi estudar os polimorfismos presentes na região controle do DNA mt em 60 indivíduos, residentes na região da Grande São Paulo, para utilização na identificação humana. A extração de sangue foi realizada utilizando o FTA Reagente e a região controle do DNA mt foi amplificada por PCR e sequenciada em ambas as fitas utilizando o BigDye v.3.1. Posteriormente, as amostras foram submetidas à eletroforese capilar em sequenciador ABI 3500. As amostras foram analisadas estatisticamente e classificadas em haplogrupos. De um total de 57 amostras com seqüenciamento de qualidade, 56 haplótipos diferentes foram encontrados quando analisamos toda a região hipervariável do DNA mt. E a análise da região HV3 associada às outras regiões hipervariáveis aumentou o poder discriminatório entre os indivíduos Assim, pretende-se utilizar os resultados do projeto no auxílio da elucidação de casos forenses pela polícia científica

Análise de SNPs do DNA mitocondrial em indivíduos residentes no estado do Espírito Santo para aplicação na Identificação Humana

Pós-graduação em Biotecnologia - IQ

Colonoscopia virtual e DNA fecal : estudo de viabilidade como testes de rastreio do cancro colorretal

Tese de doutoramento, Cirurgia Geral (Medicina), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2014

Caracterização biológica, histopatológica e análise de ácido nucléico de uma cepa Trypanosoma cruzi da região de Marília, SP

Estudou-se o comportamento biológico e histopatológico de uma cepa genuínamente mariliense de Trypanosoma cruzi, isolada em 1997 através de xenodiagnóstico artificial. Vinte e cinco camundongos swiss foram infectados intraperitonealmente, sendo 11 utilizados para a realização da curva parasitêmica e observação da morfologia dos tripomastigotas e 14 foram sacrificados após o 17, 23, 30, 60 e 180 dias pós-infecção e coletados coração, esôfago, fígado, cólon, e músculo esquelético (fragmento da coxa direita) para análise histopatológica. Cultura em meio LIT foi realizada para análise de DNA. Os resultados mostraram predomínio de formas largas, baixa parasitemia com picos médios de 860 tripomastigotas/5mil de sangue ao redor do 20º dia de infecção. Nenhum camundongo morreu na fase aguda da infecção. Exame histopatológico mostrou poucos ninhos de amastigotas em coração, raros em músculo esquelético e cólon com discreto processo inflamatório. Comparada com a cepa Y, que foi isolada de uma paciente da mesma região, notamos diferentes características biológicas e comportamentais, porém a análise de DNA as coloca no mesmo grupo, demonstrando a proximidade dessas cepas.

Utlização do DNA mitocondrial no contexto forense brasileiro

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Alterações genéticas relacionadas à obesidade: danos no DNA, perfil de expressão e polimorfismos gênicos

Pós-graduação em Patologia - FMB

Análise de 15 STRS autossômicos na população de Araraquara (São Paulo, Brasil)

Os marcadores genéticos mais utilizados para fins de identificação humana são regiões autossômicas de repetições consecutivas curtas (Short Tandem Repeats - STRs) e para interpretar a análise de DNA, os resultados de um caso necessitam ser comparados com os dados de uma pertinente população. O objetivo do trabalho, portanto, foi caracterizar o perfil genético da população de Araraquara, (São Paulo, Brasil) pela análise de 15 STRs autossômicos (D3S1358, TH01, D21S11, D18S51, Penta E, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, VWA, D8S1179, TPOX and FGA) inclusos no kit PowerPlex 16 (Promega) e correlacionar esses dados com a história de formação da população. Não foram observados desvio do equilíbrio de Hardy - Weinberg após correção de Bonferroni. Parâmetros forenses apresentaram valores elevados, sendo os marcadores mais polimórficos o Penta E, D18S51 e FGA. A árvore UPGMA (Unweighted Pair- Group Method with Arithmetic Mean) baseada na medida de distância genética mostrou a população de Araraquara agrupada com as populações da região sudeste do Brasil, próxima do grupo europeu e distante das populações Africana e Ameríndia. Estimativas de mistura revelaram que a contribuição parental para a população de Araraquara foi 76% européia, 18% africana e 6% ameríndia

Mapeamento físico de sequênias repetitivas de DNA no genoma de espécies do gênero Trichomycterus (Siluriformes, Trichomycteridae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

A importância do DNA na Medicina Dentária Forense

Com o presente trabalho pretende-se discutir a importância do DNA na resolução de casos de investigação forense. O Homem, desde os tempos mais remotos tem revelado interesse na confirmação da identidade dos seus semelhantes, pelo desenvolvimento e prática de diversas técnicas de identificação. A partir de uma revisão da literatura, fez-se o estudo dos métodos de identificação humana, sendo este mais aprofundado no que diz respeito ao DNA. Frequentemente são encontrados corpos em que a única peça disponível para o processo de identificação é o dente. As peças dentárias são as estruturas mais resistentes e estáveis do corpo humano, mantendo as suas características e propriedades por longos períodos de tempo pós-morte. A análise do DNA contribui de forma muito importante para os processos de reconhecimento humano, principalmente em casos em que outros métodos de identificação falham devido a decomposição, fragmentação, incineração ou inexistência de dados comparativos ante-morte. Para a obtenção de um perfil genético é necessário executar as seguintes etapas: extração do DNA, sua quantificação e amplificação seguida de análise de determinadas regiões do genoma. Nos dias de hoje, muitos casos de identificação necessitam de uma abordagem multidisciplinar, isto porque em algumas situações existe falta de material padrão ou, por outro lado, pode haver mais do que uma evidência a ser examinada.

Diagnóstico Molecular na era da sequenciação de 3ª geração e da PCR digital

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas

Development of infrared spectroscopy for assessing bacterial quality in foods

Rapid and specific detection of foodborne bacteria that can cause food spoilage or illness associated to its consumption is an increasingly important task in food industry. Bacterial detection, identification, and classification are generally performed using traditional methods based on biochemical or serological tests and the molecular methods based on DNA or RNA fingerprints. However, these methodologies are expensive, time consuming and laborious. Infrared spectroscopy is a reliable, rapid, and economic technique which could be explored as a tool for bacterial analysis in the food industry. In this thesis it was evaluated the potential of IR spectroscopy to study the bacterial quality of foods. In Chapter 2, it was developed a calibration model that successfully allowed to predict the bacterial concentration of naturally contaminated cooked ham samples kept at refrigeration temperature during 8 days. In this part, it was developed the methodology that allowed the best reproducibility of spectra from bacteria colonies with minimal sample preparation, which was used in the subsequent work. Several attempts trying different resolutions and number of scans in the IR were made. A spectral resolution of 4 cm-1, with 32 scans were the settings that allowed the best results. Subsequently, in Chapter 3, it was made an attempt to identify 22 different foodborne bacterial genera/species using IR spectroscopy coupled with multivariate analysis. The principal component analysis, used as an exploratory technique, allowed to form distinct groups, each one corresponding to a different genus, in most of the cases. Then, a hierarchical cluster analysis was performed to further analyse the group formation and the possibility of distinction between species of the same bacterial genus. It was observed that IR spectroscopy not only is suitable to the distinction of the different genera, but also to differentiate species of the same genus, with the simultaneous use of principal component analysis and cluster analysis techniques. The utilization of IR spectroscopy and multivariate statistical analysis were also investigated in Chapter 4, in order to confirm the presence of Listeria monocytogenes and Salmonella spp. isolated from contaminated foods, after growth in selective medium. This would allow to substitute the traditional biochemical and serological methods that are used to confirm these pathogens and that delay the obtainment of the results up to 2 days. The obtained results allowed the distinction of 3 different Listeria species and the distinction of Salmonella spp. from other bacteria that can be mistaken with them. Finally, in chapter 5, high pressure processing, an emerging methodology that permits to produce microbiologically safe foods and extend their shelf-life, was applied to 12 foodborne bacteria to determine their resistance and the effects of pressure in cells. A treatment of 300 MPa, during 15 minutes at room temperature was applied. Gram-negative bacteria were inactivated to undetectable levels and Gram-positive showed different resistances. Bacillus cereus and Staphylococcus aureus decreased only 2 logs and Listeria innocua decreased about 5 logs. IR spectroscopy was performed in bacterial colonies before and after HPP in order to investigate the alterations of the cellular compounds. It was found that high pressure alters bands assigned to some cellular components as proteins, lipids, oligopolysaccharides, phosphate groups from the cell wall and nucleic acids, suggesting disruption of the cell envelopes. In this work, bacterial quantification and classification, as well as assessment of cellular compounds modification with high pressure processing were successfully performed. Taking this into account, it was showed that IR spectroscopy is a very promising technique to analyse bacteria in a simple and inexpensive manner.